RAGEMO

Caprin

Rapport de variabilité génétique à partir de données

CONTEXTE

L’espèce caprine bénéficie, comme les autres filières de ruminants, de l’essor des outils moléculaires pour appuyer la gestion génétique des populations. En races Alpine et Saanen, ils sont utilisés principalement pour la sélection génomique. Pour les races à petits effectifs, l’intérêt principal des données moléculaires est de permettre de mieux suivre et gérer leur variabilité génétique. Elles sont en effet plus susceptibles de subir une dérive génétique et une augmentation rapide de leur consanguinité, avec les effets néfastes associés en raison de leurs petits effectifs.

Type de programme

R&D

Durée

2021/2023

Financement apis-gene

44000 €

Coordination

Coralie Danchin (Idele)

objectifs

Le programme vise à créer des rapports automatisés de variabilité génétique à partir de données moléculaires en prenant comme support de preuve de concept l’espèce caprine, et plus particulièrement les races à petits effectifs.

Partenaires

Avancements scientifiques

Dans un premier temps la procédure matérialisant le circuit à suivre depuis le prélèvement de l’échantillon à son envoi pour génotypage a été définie. Le préalable à la réalisation de rapports de variabilité génétique a été d’identifier les indicateurs les plus pertinents et les mieux adaptés aux problématiques des races considérées. Ils seront présentés aux associations d’éleveurs de races locales pour validation. La suite des travaux consistera à mettre en place des scripts de calculs des indicateurs au niveau individuel, l’édition de rapports individuels puis le test de la chaîne au fur et à mesure de l’arrivée des génotypages. Au niveau racial, la définition du nombre nécessaire de génotypages et/ou de la fréquence d’actualisation des calculs seront à déterminer en fin de programme. Le programme final sera présenté inter-filières afin d’évaluer les possibilités de son export direct à d’autres filières.

© photo : L. Joly