BovEpiSign

Bovin lait

Signatures épigénétiques des cellules de l'immunité bovine

CONTEXTE

La mise en place des schémas de sélection dans les filières de ruminants repose sur une succession de révolutions scientifiques dont la dernière en date est la sélection génomique. Elle s’oriente aujourd’hui vers la recherche de l’« Animal Robuste », capable de maintenir ses fonctions biologiques dans une diversité d’environnements. Les compétences immunitaires individuelles sont essentielles et leur caractérisation en situation d’élevage reste un challenge. L’épigénétique offre aujourd’hui la possibilité de développer de nouveaux outils qui contribueront à un phénotypage de précision pour ce caractère complexe.

Type de programme

R&D

Durée

2019/2023

Financement apis-gene

213000 €

Coordination

Hélène Jammes (INRAE)

objectifs

Le programme a pour objectif de définir les signatures épigénétiques portées par chaque type de cellules de l’immunité contenues dans le sang et le lait, afin d’évaluer en routine la capacité de réponse immunitaire d’un animal.

Partenaires

Avancements scientifiques

Il repose sur un dispositif expérimental original de 12 vaches Holstein, permettant de limiter la variabilité génétique, 8 d’entre elles étant des clones, mais aussi la variabilité environnementale en les élevant ensemble dans les mêmes conditions. Le but recherché est d’identifier les signatures épigénétiques cellules-spécifiques afin d’en sélectionner les plus discriminantes. Depuis le démarrage du programme, plus de 63 500 signatures épigénétiques ont pu

être identifiées pour trois populations majeures de cellules de l’immunité : les neutrophiles (3 874 signatures), les monocytes (3 899 signatures) et les lymphocytes (45 439 signatures). Parmi ces signatures les 100 plus explicatives ont été identifiées et font l’objet d’une approche dite d’inférence développée par une équipe de bio-statisticiens, qui permettra de déterminer la proportion des trois types de cellules dans un échantillon de sang ou de lait. Sur les 1,3 millions de positions génomiques mises en évidence, 20 sont suffisantes pour décrire les trois premiers types cellulaires analysés.

Dans un deuxième temps, cette démarche sera mise en place en utilisant des vaches dont le statut clinique et l’origine génétique seront variés afin de vérifier que ces signatures permettent de caractériser ces types cellulaires dans un échantillon de sang ou de lait en conditions « terrain ».