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PLACO

Etude de plans de connexion entre populations génétiquement proches visant à accroître l'intérêt de la sélection génomique en petits ruminants

CONTEXTE

Depuis 2015 et 2018, les différentes races ovines et caprines laitières respectivement ont mis en place la sélection génomique. La prise en compte de l’information génomique a permis un gain de précision par rapport aux évaluations classiques sur les pedigrees. Cependant, les gains de précision obtenus sont encore faibles en comparaison à ceux observés chez les grandes races bovines comme la Holstein. Parmi les facteurs qui influencent la précision des évaluations génétiques, la taille et la composition de la population de référence sont capitales. Plus cette population sera importante et représentative de la diversité des candidats, plus la précision de l’évaluation génétique sera importante. Cependant, pour les races où il n’est pas possible d’augmenter cette taille de population de référence, il est nécessaire de trouver des alternatives. La création de connexions génétiques entre races proches, associée à une évaluation génomique conjointe, est une stratégie à évaluer.

Type de programme

Durée

2022/2025

Financement apis-gene

63000 €

Coordination

Marine PLACO (CIFRE Idele)

objectifs

La thèse PLACO vise à contribuer à la mise en place de plans de connexion optimaux ou de programmes de sélection multi-races pour accroître l’efficacité de la sélection génomique pour des races ou populations génétiquement proches.

Partenaires

Avancements scientifiques

Le travail s’est dans un premier temps porté sur la race ovine Lacaune lait, pour laquelle il existe deux noyaux de sélection depuis la création d’une 2ème entreprise de sélection de la race dans les années 70. Actuellement, pour ces populations, les indexations sur la production laitière sont réalisées en considérant une population de référence unique composée des deux noyaux. Une étude génomique et pedigree de la structure des populations a permis de confirmer les très faibles échanges entre les deux noyaux et une faible différenciation génétique entre eux bien que cette divergence semble augmenter au fil des années. Plusieurs évaluations, considérant un noyau, l’autre ou les deux dans la population de référence, ont ensuite été réalisées pour évaluer l’impact de la suppression d’un de ces noyaux sur la précision des index. Les faibles gains de précision entre les scénarios avec un noyau ou les deux (pour lequel on double la taille de la population de référence) traduisent une faible contribution d’une sous-population à l’autre.

La suite de la thèse consistera en des travaux de simulations visant, d’une part , à mimer la mise en place d’échanges entre les deux sous-populations et étudier l’apport que peuvent avoir ces échanges en termes de précision et d’autre part, à étudier le niveau de perte de précision en cas de déconnexion totale des populations, comme cela pourrait être le cas avec la mise en place de politiques de sélection génétique différentes.

Liens complémentaires