Etude de plans de connexion entre populations génétiquement proches visant à accroître l'intérêt de la sélection génomique en petits ruminants
La thèse PLACO vise à contribuer à la mise en place de plans de connexion optimaux ou de programmes de sélection multi-races pour accroître l’efficacité de la sélection génomique pour des races ou populations génétiquement proches.
Le travail s’est dans un premier temps porté sur la race ovine Lacaune lait, pour laquelle il existe deux noyaux de sélection depuis la création d’une 2ème entreprise de sélection de la race dans les années 70. Actuellement, pour ces populations, les indexations sur la production laitière sont réalisées en considérant une population de référence unique composée des deux noyaux. Une étude génomique et pedigree de la structure des populations a permis de confirmer les très faibles échanges entre les deux noyaux et une faible différenciation génétique entre eux bien que cette divergence semble augmenter au fil des années. Plusieurs évaluations, considérant un noyau, l’autre ou les deux dans la population de référence, ont ensuite été réalisées pour évaluer l’impact de la suppression d’un de ces noyaux sur la précision des index. Les faibles gains de précision entre les scénarios avec un noyau ou les deux (pour lequel on double la taille de la population de référence) traduisent une faible contribution d’une sous-population à l’autre.
La suite de la thèse consistera en des travaux de simulations visant, d’une part , à mimer la mise en place d’échanges entre les deux sous-populations et étudier l’apport que peuvent avoir ces échanges en termes de précision et d’autre part, à étudier le niveau de perte de précision en cas de déconnexion totale des populations, comme cela pourrait être le cas avec la mise en place de politiques de sélection génétique différentes.
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