MicroSigns

Bovin lait

Le microbiote fécal, un biomarqueur de la santé de la vache laitière ?

CONTEXTE

Parmi l’ensemble des facteurs pouvant influencer la sensibilité ou la résistance aux maladies des bovins laitiers, il en est un dont le rôle en fait un paramètre d’étude incontournable dans des études sur la santé : le microbiote. Le microbiote définit l’abondante communauté de bactéries, virus, protozoaires, archées et autres champignons cohabitant avec l’animal et est présent à différents endroits de l’organisme, notamment dans le tube digestif. En plus de jouer un rôle dans la nutrition grâce à la dégradation et la digestion des aliments, le microbiote peut influencer l’immunité et la santé des animaux. Ainsi, des études scientifiques ont établi des liens avec des maladies diverses comme les mammites, les cétoses ou encore des diarrhées. Le microbiote pourrait alors constituer un biomarqueur de la santé des vaches laitières. Plusieurs facteurs peuvent affecter le microbiote : l’environnement, l’alimentation, l’âge des animaux, mais aussi la génétique puisqu’il existe une interaction entre le génome de la vache et son microbiote. Cependant, aucun lien génétique entre composition du microbiote et les caractères de santé n’a pu encore être mis en avant.

Type de programme

Amorçage

Durée

06/2021 - 12/2025

Financement apis-gene

175000 €

Coordination

Elise Vanbergue (Idele)

objectifs

Le programme vise à identifier des profils de communautés bactériennes fécales qui pourraient constituer des signatures de la résistance/sensibilité aux maladies chez la vache laitière.

Partenaires

Avancements scientifiques

Le programme s’appuie sur 25 élevages du réseau Innoval, qui ont été ciblés après un travail de caractérisation en termes de fiabilité des enregistrements, d’incidence moyenne des maladies de production, du nombre de vaches en 2^ème lactation et de leur localisation. La phase terrain a donc consisté en la collecte d’échantillons de sang et de fèces sur plus de 430 vaches Holstein. Des échantillons de microbiote fécal ont donc été prélevés à l’automne 2022, avant d’être séquencés pour déterminer les proportions de microorganismes qui les constituent. Le microbiote fécal a été retenu en raison de sa stabilité, de sa méthode de prélèvement non invasive et peu coûteuse.

En parallèle, plusieurs types de données ont été centralisés dans une base de donnée : données des carnets sanitaires, contrôles de performances, constats d’alimentation, statut et compétence immunitaire de l’animal et communautés bactériennes fécales présentes. La composition du microbiote pourra ainsi être mise en relation avec les données de santé de ces mêmes vaches permettant d’évaluer la résistance ou sensibilité aux maladies. Après un important travail de nettoyage des données afin d’identifier les variables les plus pertinentes ou afin d’élaborer les variables de synthèse permettant de caractériser au mieux chaque type d’affection (affections de la mamelle, maladies métaboliques, etc.), l’analyse intégrative des données est en cours.

Si des profils de microbiotes fécaux signatures de la résistance aux maladies étaient identifiés, ils constitueront un proxy de choix pour un phénotypage à grande échelle et permettraient de mieux caractériser et sélectionner les vaches laitières. Le microbiote fécal pourrait également être utilisé dans l’élaboration d’outils d’aide à la décision permettant d’établir des diagnostics précoces.

Perspectives / Valorisations

MicroSigns est la première étape de validation de l’utilisation du microbiote fécal de la vache laitière comme outil de pilotage de la santé.
Si des profils de microbiotes fécaux signatures de la résistance aux maladies étaient identifiés, ils constitueraient des marqueurs de choix pour un phénotypage à grande échelle et permettraient de mieux caractériser et sélectionner les vaches laitières.
Le microbiote fécal pourrait également être utilisé dans l’élaboration d’outils d’aide à la décision permettant d’établir des diagnostics précoces.