HomLet

A partir des données de génotypages, utilisées en routine en sélection génomique, il est possible de mettre en évidence des régions du génome qui ne sont jamais ou que très rarement présentes à l’état homozygote. Cette approche dite de génétique inverse, est réalisable sans connaissance préalable des caractères pilotés par ces régions du génome. En filière ovine, les animaux étant génotypés avec la puce à basse densité à partir de un mois, des déficits en homozygotes traduisent le fait que les animaux homozygotes n’ont pas été candidats au génotypage, soit parce qu’ils sont morts, soit parce qu’ils ont été écartés volontairement du processus de sélection. Par cette analyse, 13 régions indépendantes montrant un déficit très significatif d’animaux homozygotes ont été identifiées dans les deux races ovines laitières Lacaune et Manech Tête Rousse. L’analyse des effets des régions sur les caractères de fertilité dans les d’accouplements à risque permet de faire l’hypothèse que deux de ces régions sont associées à de la mortalité embryonnaire précoce, deux à de la mortalité sur l’ensemble de la période de gestation, trois à de la mortalité du très jeune agneau, et le reste des régions seraient sans lien avec la fertilité et associées à la contre sélection. Le séquençage complet des génomes d’animaux hétérozygotes porteurs de ces régions a permis de mettre en évidence des mutations candidates pour la plupart des régions, et la réalisation d’accouplements à risque de caractériser les phénotypes correspondants pour certaines de ces mutations. D’autres mutations létales touchant des gènes du métabolisme énergétique sont en cours d’analyse en Lacaune et Manech Tête Rousse.

A l’heure actuelle, le nombre de génotypages informatifs pour réaliser cette approche de génétique inverse n’est pas encore suffisant pour trouver de telles mutations dans les trois autres races laitières ovines ou chez les caprins, mais les prochaines campagnes de génotypages devraient permettre d’y remédier.

En dehors de la découverte de nouvelles mutations par les analyses à venir, lorsque l’effet des mutations déjà identifiées sera confirmé, leur intégration dans les schémas de sélection pourra être réalisée afin de limiter les accouplements à risque entre animaux porteurs. Ceci passera par la présence de ces mutations sur les puces de génotypages utilisées pour la sélection génomique, comme c’est actuellement le cas en bovin.