FertiliGest

Les données des quelques 7 millions d’Inséminations Animales (IA) réalisées par an, associées aux génotypages (environ 300 000 jeunes animaux par an), aux 5 000 séquences complètes de génomes de taureaux et aux plus de 25 millions de variants génétiques identifiés par race sont une mine d’informations pour la recherche de mutations, et sont mobilisés dans le cadre de cette thèse. Au cours de la première année du projet, Le travail a été focalisé sur le volet « fertilité mâle », pour lequel l’objectif consistait en l’identification de modifications de la structure de chromosomes entraînant des avortements précoces. Une méthode de détection de ces réarrangements entre les chromosomes chez les taureaux d’IA a été mise en place en mobilisant les données de génotypage haut débit des descendants de ces taureaux en fermes commerciales. Appliquée à quelques 1,7 million

de descendants, cette méthode a permis de mettre en lumière 12 réarrangements complexes, qui ont été confirmés par des études des chromosomes réalisées à partir de prélèvements de sang et de cartilage effectués sur les taureaux eux-mêmes ou leurs descendants . On parle d’études cytogénétiques. Ce chiffre est d’autant plus encourageant quand on sait que, jusqu’à présent, seuls 20 cas de réarrangements complexes avaient été mis en évidence en 40 ans de recherches cytogénétiques.

La suite de la thèse consistera à étendre ce travail aux caractères de durée de gestation et de fertilité femelle. La disponibilité des très grands jeux de données issus de l’enregistrement des inséminations, du contrôle de performance et des génotypages permettra, à nouveau, d’innover sur les méthodes de recherche de mutations pour identifier des variants encore peu diffusés dans les différentes races et prévenir la large diffusion de ceux ayant des effets délétères.