EVAGENOC

En lien étroit avec le programme Européen H2020 GenTORE, quelques 10 000 animaux ont été génotypés, permettant de constituer les populations de référence pour chacun des types de croisement. EVAGENOC a permis d’adapter les outils déjà existant en race pure et notamment de définir la meilleure façon de réaliser l’imputation pour les animaux croisés, étape clef de l’évaluation génomique puisqu’elle permet de déduire les informations manquantes de certains marqueurs du génome pour les animaux typés avec une puce basse densité. Ainsi, les animaux obtiennent un niveau d’information similaire à ceux typés avec une puce moyenne densité plus coûteuse. Mais EVAGENOC a également permis de développer de nouveaux outils :

• un outil d’attribution de l’origine des allèles,
• un logiciel permettant de réaliser des évaluations génomiques en gérant l’origine des allèles.

L’évaluation génomique a été testée sur des jeux de données de populations de race Holstein, Montbéliarde, Rouge scandinaves et sur les croisées ProCROSS, sur cinq caractères : la production laitière, le taux butyreux, le taux protéique, la quantité de matière grasse et celle de matière protéique. Pour l’ensemble, les résultats sont satisfaisants en termes de prédiction de candidats à la sélection. Si peu de doutes persistent sur le fait d’obtenir des résultats analogues pour les autres types de croisements, ils mériteront d’être vérifiés sur d’autres caractères, comme la morphologie.

La prochaine étape consistera à transférer à GenEval, en charge de calculer les valeurs génomiques des animaux, une méthodologie générale d’évaluation génomique en croisement.