MicroSigns

Le programme s’appuie sur 25 élevages du réseau Innoval, qui ont été ciblés après un travail de caractérisation en termes de fiabilité des enregistrements, d’incidence moyenne des maladies de production, du nombre de vaches en 2^ème lactation et de leur localisation, l’objectif étant de recruter 500 vaches laitières en 2^ème lactation. Dans ces élevages, des échantillons de microbiote fécal seront prélevés à l’automne 2022, avant d’être séquencés pour déterminer les proportions de microorganismes qui les constituent. Le microbiote fécal a été retenu en raison de sa stabilité, de sa méthode de prélèvement non invasive et peu coûteuse. La composition du microbiote sera mise en relation avec les données de santé de ces mêmes vaches permettant d’évaluer la résistance ou sensibilité aux maladies. Différents types de données santé seront analysées : les données des registres d’élevage et des données d’immunité. Les mammites, les boiteries, et les cétoses, pathologies prévalentes des élevages laitiers, seront notamment au cœur de ces analyses.

Si des profils de microbiotes fécaux signatures de la résistance aux maladies étaient identifiés, ils constitueraient un proxy de choix pour un phénotypage à grande échelle et permettraient de mieux caractériser et sélectionner les vaches laitières. Le microbiote fécal pourrait également être utilisé dans l’élaboration d’outils d’aide à la décision permettant d’établir des diagnostics précoces.