FertiliGest

Bovin lait

Identification et caractérisation de mutations affectant la fertilité chez le bovin en exploitant des bases de données populationnelles

CONTEXTE

Production et reproduction ne sont pas aussi proches qu'on pourrait l'écrire ! L’amélioration des techniques de conduite des troupeaux, de la nutrition des vaches et la sélection génétique ont permis une augmentation importante de la production laitière des bovins au cours des 70 dernières années. Toutefois, ces progrès ont changé la physiologie des vaches et conduit à une diminution importante de leur efficience reproductive. Si la prise en compte de la fertilité femelle dans les index de synthèse et le développement de la sélection génomique ont permis d’enrayer cette baisse sur les 15 dernières années, le progrès génétique n’a pas permis d’amélioration significative. L’une des solutions consiste donc à améliorer les connaissances sur les variants génétiques et autres mutations qui affecteraient non seulement la fertilité femelle, mais aussi d’autres caractères qui ne sont pas en sélection comme la fertilité mâle ou encore la durée de gestation.

Type de programme

Thèse

Durée

2021/2024

Financement apis-gene

118000 €

Coordination

Jeanlin Jourdain (CIFRE Eliance)

objectifs

La thèse a pour objectif d’identifier des mutations impactant la fertilité des génisses, des vaches, des taureaux d’insémination et la durée de gestation avec une puissance de dispositif encore inégalée grâce à la mobilisation des grandes bases de données accessibles grâce au système mutualisé de la recherche en France.

Partenaires

Avancements scientifiques

Les données des quelques 7 millions d’Inséminations Animales (IA) réalisées par an, associées aux génotypages (environ 300 000 jeunes animaux par an), aux 5 000 séquences complètes de génomes de taureaux et aux plus de 25 millions de variants génétiques identifiés par race sont une mine d’informations pour la recherche de mutations, et sont mobilisés dans le cadre de cette thèse. Au cours de la première année du projet, Le travail a été focalisé sur le volet « fertilité mâle », pour lequel l’objectif consistait en l’identification de modifications de la structure de chromosomes entraînant des avortements précoces. Une méthode de détection de ces réarrangements entre les chromosomes chez les taureaux d’IA a été mise en place en mobilisant les données de génotypage haut débit des descendants de ces taureaux en fermes commerciales. Appliquée à quelques 1,7 million

de descendants, cette méthode a permis de mettre en lumière 12 réarrangements complexes, qui ont été confirmés par des études des chromosomes réalisées à partir de prélèvements de sang et de cartilage effectués sur les taureaux eux-mêmes ou leurs descendants . On parle d’études cytogénétiques. Ce chiffre est d’autant plus encourageant quand on sait que, jusqu’à présent, seuls 20 cas de réarrangements complexes avaient été mis en évidence en 40 ans de recherches cytogénétiques.

La suite de la thèse consistera à étendre ce travail aux caractères de durée de gestation et de fertilité femelle. La disponibilité des très grands jeux de données issus de l’enregistrement des inséminations, du contrôle de performance et des génotypages permettra, à nouveau, d’innover sur les méthodes de recherche de mutations pour identifier des variants encore peu diffusés dans les différentes races et prévenir la large diffusion de ceux ayant des effets délétères.